请问10月份发放9月份的工资，是按照3500元扣除还是按照5000元扣除？

根据《财政部　税务总局关于2018年第四季度个人所得税减除费用和税率适用问题的通知》（财税〔2018〕98号）规定，纳税人在2018年10月1日（含）后实际取得的工资、薪金所得，减除费用统一按照5000元/月执行。因此，单位10月份发放的工资，深圳圣一君财税、税务筹划,应按照5000元的费用扣除标准进行扣除，并适用新税率表进行计算纳税。

同时，按照《中华人民共和国个人所得税法》的规定：“工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或纳税义务人在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。”因此，对于10月份所发放工资薪金所得的应纳税款，扣缴义务人应在次月11月15日内申报缴纳。